إن معالجة الأمراض الوظيفية في الأمعاء هي مهمة مركبة ومعقدة. إذ ليست هنالك آلية واحدة مسببة لمتلازمة القولون العصبي، كذلك أيضا ليس ثمة دواء سحري واحد.
يرتكز علاج القولون العصبي، أولا وقبل أي شيء آخر، على علاقة علاجية جيدة بين الطبيب والمريض، تعتمد على تعميق وعي المريض وفهمه لماهية المشكلة وطبيعتها وعلى التطرق إلى المخاوف وبواعث القلق، مثل الخوف من السرطان.
العلاقة بين مرض القولون العصبي وبين حالات الضغط والتوتر من شأنها إتاحة المجال لمساعدة المرضى بواسطة المعالجة الاسترخائية (Relaxation therapy)، التنويم الإيحائي (Hypnosis) الطبي، الارتجاع البيولوجي (Biofeedback) وغيرها.
وقد تم استثمار الكثير من الجهد، ولا يزال، في محاولة لإيجاد دواء يخفف من معاناة مرضى القولون العصبي ويخفف من أعراض القولون العصبي، دون تحقيق نجاح حتى الآن.
لكن اتساع المعرفة، المتزايد، فيما يتعلق بآليات مرض القولون العصبي يبعث الأمل في اكتشاف أدوية جديدة، في المستقبل القريب، لمعالجة مرضى متلازمة القولون العصبي.
وقد ظهرت، في الآونة الأخيرة، بشائر لجيل جديد من الأدوية في كثير من البلدان.