أخذت البلاد اسمها من نهر باراغواي الذي يشطرها إلى جزئين ويمر كذلك بالأرجنتين وبوليفيا والبرازيل ، والاسم مشتق من اللغة الغوارانية: بارا (أنواع متعددة) وغوا (نهر) فيكون معناها الحرفي (نهر الأنواع المتعددة).
غير أن ثمة جدل بين المؤرخين وعلماء أصل الأسماء حول ذلك ، وأشهر الآراء التي خرجت حول أصل التسمية هي:
- النهر الذي ينتج بحرا (غير معلوم قائله).
- رأى الضابط والمهندس الإسباني (أليكس دى أثارا) أن الاسم أصله (باياغواي Payaguá-ý) ويعني (نهر الباياغوا) والباياغوا قبيلة من هنود الغوايكورو الذين عاشوا في سهول غران تشاكو بوسط أمريكا الجنوبية ، ورأى دى أثارا أيضا أن ثمة زعيم قبلي عاش في المنطقة كان يدعى (باراغوايو) .
- اعتقد الكاتب والمؤرخ الأرجنتيني من أصل فرنسي (بول غروساك) أن الاسم يعني حرفيا (النهر الذي يتدفق في المستنقع) والمستنقع هنا هو مستنقعات البانتانال المعروفة في جنوب البرازيل وشمال باراغواي وبوليفيا .
- قال الرئيس الباراغواياني الأسبق (خوان ناتاليسيو غونساليس) {ت. 1966} إن معنى اسم باراغواي (نهر القاطنين عند البركة) .
- ذكر الكاهن اليسوعي البيروفي (أنتونيو رويس دى مونتويا) أن الاسم يعني (النهر المتوج) .