يحدّ هذه الدولة من الغرب المحيط الهادي، بينما يحدّها من الشمال دولة جواتيمالا، ومن الشرق فتحدها الهندوراس. السلفادور هي الدولة الوحيدة من دول أمريكا الوسطى التي لا تطل على البحر الكاريبي، ولكن يوجد فيها العديد من الأنهار التي تصب في المحيط الهادي، كنهر "ليمبا" وهو النهر الأكبر، ونهر غواسكوران، ونهر خيبوا، ونهر تورولا، ونهر باز، ونهر ريو غراندي، وغيرها من الأنهار، كما ويوجد فيها العديد من البحيرات كبحيرة "أيلوبانغو"، وبحيرة غويخا، وغيرها من البحيرات الطبيعية والاصطناعية.