يُمثّل قُرابة 75% من جغرافيّة جزيرة بورتوريكو مجموعة من الجبال المُنحدرة والتلال التي تُستخدم في مجال الزراعة، كما يفصل بين ساحلها الجنوبيّ وساحلها الشماليّ نطاق يُطلَق عليه اسم كورديليرا الوسطى، وتُعدّ قمّة سيرو دي بونتا القمة الأكثر ارتفاعاً في بورتوريكو؛ حيث يصل ارتفاعها إلى حوالي 1338م، ويُشكّل الساحل الشماليّ للجزيرة شريطاً يصل طوله إلى 160كم، أمّا عرضه يصل إلى 8كم، وتوجَد على طول الساحل الشرقيّ مجموعة من الأودية الأساسيّة في بورتوريكو، والممتدة من فاجاردو وصولاً إلى كيب مالا باسكوا وحول كاغواس.
تقع في المنطقة الشرقيّة الوسطى من جزيرة بورتوريكو جزيرتان ذات أحجام صغيرة، وهما: جزيرة بييكيس التي تصل مساحتها إلى حوالي 132كم²، وجزيرة كولبرا ومساحتها حوالي 62كم²، كما تمتلك جزيرة بورتوريكو حوالي 50 ممّراً مائيّاً يُصنّف من الأنهار، ولكنها لا توفّر الملاحة للسُفن ذات الأحجام الكبيرة، ويُعدّ أطول نهر في الجزيرة ريو دي لا بلاتا الذي يمتدُّ من كايي وصولاً إلى دورادو (74كم)، ثمّ يصبُّ في مياه المحيط الأطلسيّ، وتنتشر أيضاً في بورتوريكو مجموعة من البحيرات الصناعيّة والطبيعيّة، مثل بحيرة دوس بوكاس.