يشكل المسيحيون أغلبية في جمهورية مقدونيا مع 64،7% من السكان الذين ينتمون إلى فرع المقدونية الأرثوذكسية الشرقية، في حين أن الطوائف المسيحية المختلفة تحتل 0،37% من السكان. ويشكل المسلمون 33،3% من السكان 25% على مذهب السني و8.3% على المذهب الشيعي البكتاشي ، وهذا رابع أكبر عدد من المسلمين في أوروبا بنسبة بعد كوسوفو (90%)، وألبانيا (70%)، والبوسنة والهرسك (48%). معظم المسلمين هم اتراك أو البان (من ألبانيا)، أو غجر، ويوجد أيضا مسلمون من اصول مقدونيه أيضا. وتسجل 1،63 % المتبقية من السكان بأنها "غير محدد" في تعداد عام 2002 الوطنية.ويوجد هناك أكثر من 400 مسجد و 1200 كنيسة في مقدونية ويوجد مدارس إسلامية متدينة وأخرى مسيحية ارثدوكسية متدينة، ويوجد هناك خلافات بين الكنيسة المقدونية والكنيسة الصربية المقدونية بحيث ما ان اعلنت الكنيسة الصربية المقدونية استقلالها عن المقدونية لم تعترف بها المقدونية، لكن بعد فترة من الخلافات اعترفت الكنيسة المقدونية بالكنيسة الصربية بعد أن سن قانون الحكم الذاتي لصرب مقدونيا ويوجد الآن ما يقارب ال 200 يهودي بعدما كانوا 7200 يهودي عشية الحرب العالمية الثانية، وأغلب اليهود هم سفاراديون بحيث انهم فروا من الأندلس بعد سقوطها وبعد عصر محاكم التفتيش الإسبانية والبرتغالية.