يمثل المسلمون ما نسبته 94% من سكان جيبوتي (البالغ عددهم 864,000 نسمة) أما النسبة المتبقية فهي من المسيحيين. وقد دخل الإسلام جيبوتي في العهود المبكرة من الدعوة الإسلامية عن طريق التجار العرب ولا يزال الكثير من سكانها من أصل عربي خالصكالعمانيين واليمنيين والباقون يتحدرون من أصل عربي إفريقي ومن أشهر قبائل العرب المنتشرة هناك قبائل القومية العفرية وقبيلة العيسى {الصومالية}. يوجد في كل مدينة بجيبوتي جامع حيث يذهب الناس للعبادة كما تحولت مقابر رجال الدين القدامى إلى مناطق مقدسة من أشهر هذه الأماكن مقام الشيخ أبو اليزيد الموجود بجبال فودى.