تقع دولة ساو تومي وبرينسيبي، بين خط العرض 1.700 وخط الطول 7.460، وهي لا تشترك حدوداً مع أي دولة بجوارها، وتعدّ جزءً من القارة الأفريقية،[١] وهي تُقابل الساحل الشمالي الغربي من البر الرئيسي للقارة، على مسافة حوالي 250-300كم، ويقع خط الاستواء مباشرة تحت جزيرة ساو تومي، كما أنَّ يحيط بها خليج غينيا، وأقرب جار سياسي في سان تومي وبرينسيبي هو الغابون الذي يقع في الشرق منها.