يستخدم اوميبرازول في معالجة الحالات التي يتم فيها إفراز كميات مفرطة من الأحماض في المعدة. فهو يقوم بتثبيط عمل جهاز اٍنزيماتي محدد موجود في داخل الخلايا المعدية (في المعدة) التي تفرز الحامض، وبذلك يمنع إنتاج الحامض. يستخدم اوميبرازول في معالجة حرقة المعدة التهاب المعدة الحاد التهاب الاثنا عشر والتهاب المرئ.