الآثار جانبية من الجلوكوزامين خفيفة عموما.
وقد وجدت الدراسات أن الآثار الجانبية من الجرعات الموصى بها من الجلوكوزامين لا تختلف عن تلك التي كانت من العينة الوهمية.
عند تناول جرعات أعلى، قد تكون أكثر عرضة آثار جانبية.
وتشمل الآثار الجانبية اضطراب في المعدة وحرقة، وخمول، وصداع.